Tworzenie coraz większej liczby obszarów objętych różnymi formami ochrony, czy też ochrona gatunkowa jest tylko częścią działań zmierzających do poprawy stanu środowiska przyrodniczego. Wraz z rozwojem form i metod ochrony przyrody muszą iść
w parze działania, które pozwalają korzystać z zasobów przyrody bez wyraźnych szkód, a jednocześnie poprawią jej stan. Zachowanie ciągłości zasobów przyrody i poprawa jej stanu są warunkami determinującymi gospodarkę leśną. W celu poprawy stanu środowiska przyrodniczego w trakcie wykonywania prac leśnych szczególną uwagę należy zwrócić na:

• wytyczanie i wykorzystywanie stałych szlaków zrywkowych;
• stosowanie bioolei jako smarów silnikowych oraz do smarowania łańcucha  w pilarkach;
• ochronę stanowisk gatunków wymienionych w Rozporządzeniu MŚ z dnia 5 stycznia 2012 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin (Dz. U. z dnia 20 stycznia 2012 r., poz. 81) oraz Rozporządzeniu MŚ z dnia 12 października 2011 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dz. U. Nr 237, poz. 1419 z 2011 r.) podczas trzebieży i innych zabiegów, m. in. poprzez zwracanie uwagi na miejsca obalania drzew, przebieg szlaków zrywkowych, pozostawianie kęp starodrzewu o szerokości-średnicy minimum jednej wysokości drzewostanu;
• stałe podnoszenie wiedzy przyrodniczej pracowników nadleśnictwa, zwracając szczególną uwagę na rozpoznawanie gatunków roślin, zwierząt oraz drzewostanów     o wysokim stopniu naturalności (buczyny, grądy itd.);
• prowadzenie ewidencji występowania nowych stanowisk gatunków chronionych, obiektów cennych przyrodniczo;
• ochronę i pielęgnację niektórych elementów krajobrazu naturalnego i kulturowego (parki, aleje, cmentarze, groby, itp.);
• otoczenie opieką istniejących projektowanych i proponowanych do objęcia ochroną prawną obiektów przyrodniczych;
•  podjęcie starań o uznanie proponowanych form ochrony przyrody.

   Lasy  Nadleśnictwa  Bogdaniec  zaliczyć  należy  w  przeważającej   części  do  silnie  narażonych  na  szkody  ze  strony  czynników  natury  ożywionej  i nieożywionej. Drzewostany  tworzy  przeważnie  sosna, która  jest  gatunkiem panującym  na  82 %  powierzchni  leśnej, stanowiąc  w  większości  drzewostany  jednogatunkowe. Na  zwiększenie  biologicznej  odporności  wpływają  gatunki  liściaste  tworzące  lite  drzewostany  lub  domieszkę  w  sośnie, oraz  nieliczne  jeziora  i  cieki  wodne. 
       O  ile  w  latach  1969-1978  szkody  wywołane  przez  szkodniki  pierwotne  wystąpiły  na  terenie  Nadleśnictwa  Bogdaniec  w  ograniczonym  zakresie, to  w  latach  1979-1993  generalnie  w  Nadleśnictwie  obserwowane  było  pogarszanie  stanu  zdrowotnego  drzewostanów . Wpływ  na  to  wywarł  cały  szereg  czynników  abiotycznych, biotycznych  i  antropogenicznych . Wymienić  tu  należy  przede  wszystkim  takie  czynniki  jak : zakłócenia  gospodarki  wodnej, zniekształcenia  i  degradacja  siedlisk  leśnych, niekorzystne  warunki  klimatyczne, zanieczyszczenia  przemysłowe  powietrza. Aspekt  biotyczny  tworzą  natomiast  grzyby  chorobotwórcze  oraz  coraz  liczniejsze  szkodniki  owadzie.
        Najgroźniejsza w skutkach była gradacja brudnicy mniszki w latach 1982 i 1983, którą zwalczano z samolotów na całej powierzchni (odpowiednio 19040 ha i 2 0633 ha ) środkami chemicznymi : RIPCORD, DIMILIN, AMBUSZ, BACTIOSPEINE. W latach 1990 - 1991 miała miejsce gradacja boreczników, a w latach 1988-1991 zwójki zieloneczki. Zarówno boreczniki (4015 ha) jak i zwójka zieloneczka ( 227 ha ) zwalczane były w roku 1991 preparatem DECIS.
Po wykonaniu zabiegów chemicznych gradacje załamały się, lecz ich skutki miały istotny wpływ na stan zdrowotny lasów, między innymi poprzez masowe wydzielanie się posuszu powodując spadek zadrzewienia.
Stwarzało to korzystne warunki dla rozwoju szkodników wtórnych. Dodatkowo zachwianie stosunków fenologicznych oraz anomalie meteorologiczne i związane z nimi zachwianie stosunków wodnych stwarzały korzystne warunki do gradacji przypłaszczka granatka i smolików w latach 1991-1993, co można między innymi zaobserwować wg ilości pozyskanego posuszu.W latach 1994-1995 zwiększone pozyskanie posuszu jest jeszcze następstwem gradacji przypłaszczka i smolików (1994 r. to powierzchnia 200 ha) , a także masowego występowania i zwalczania borecznika ( 1995 r.- 5033 ha ) . Lawinowe pozyskanie posuszu w roku 2002 spowodowane jest usuwaniem powalonych w lutym i marcu b.r. wywrotów i złomów - 5630 m3 .

Zapędraczenie  gleby, choć  nie  było  zjawiskiem  powszechnym  i  nie przybiera  groźnych  rozmiarów  było  w  poprzednich  latach  rejestrowane, dlatego  też  przed  założeniem  uprawy  na  gruntach  porolnych  obowiązkowo przeprowadza  się  badanie  zapędraczenia  gleby, a  ponadto :

• jesienią  wykonywane  są  intensywne  zabiegi  mechaniczne  mające  na  celu  poprawę  właściwości  wodnych, powietrznych  i  cieplnych,
• celem polepszenia  właściwości  wodnych  i  fizyko-chemicznych  gleby  oraz  zwiększenia  pojemności  sorpcyjnej  gleb  porolnych  stosowano, uzależnione  od  chemicznej  analizy  gleby, rozpoczynane  z  początkiem  wegetacji nawożenie chemiczne,
• uwzględniane są klasy gleby,
• uprawy, młodniki i drzewostany na gruntach porolnych objęte są systematyczną kontrolą pod kątem zagrożenia przez szkodniki owadzie i choroby grzybowe,
• sadzonki są mikoryzowane.

W celu zwiększenia naturalnego oporu środowiska zagospodarowanych jest 30  remiz na łącznej powierzchni 4,91 ha. W ogrodzonych remizach stosowane są podsypki torfowe, dosadzane są krzewy jagodowe, zawieszane skrzynki lęgowe, urządzane pojniki, a w okresie zimy do karmników wykładana jest karma. Oprócz tego :

• w celu zapobieżenia naturalnym gradacjom owadów przeprowadzane są pod stałym nadzorem jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny w ściole,
• szeroko stosowane są pułapki feromonowe,
• prowadzona jest systematyczna obserwacja drzewostanów bukowych i gdy na skutek pogarszających się w ostatnich latach stosunków wodnych oraz wciąż wysokiej emisji zanieczyszczeń przemysłowych, pojawiają się usychające w górnych częściach koron zasiedlone przez szkodniki wtórne gałęzie - drzewa są usuwane,
• ze względu na występowanie choroby naczyniowej przeprowadza się również systematyczną kontrolę drzewostanów dębowych, 
• domieszki gatunków liściastych, uprawy pochodne i uprawy na gruntach porolnych chronione są za pomocą grodzeń.

W celu zmniejszenia szkód ze strony szkodników wtórnych przestrzegane są następujące zasady :

• prowadzi się systematyczną kontrolę drzewostanów i na bieżąco usuwa drzewa trocinkowe,
• posusz, wywroty i złomy usuwane są we właściwym czasie,
• w odniesieniu do wiosennych i letnich sprawców posuszu terminowo wykłada się i koruje drzewa pułapkowe, przy czym ilość pułapek klasycznych na poszczególnych powierzchniach uzależniona jest od stopnia zagrożenia drzewostanów,
• w okresie występowania szkodników wtórnych maksymalizowany jest wywóz zapasów surowca z prowadzoną jednocześnie właściwą ich rotacją z niedopuszczeniem do przelegiwania w lecie drewna zasiedlonego przez szkodniki wtórne,
• w zależności od aktualnych potrzeb stosowane są pułapki feromonowe,
• korę, w której stwierdza się zasiedlenie przez przypłaszczka granatka lub inne szkodniki bezwzgędnie niszczy się przez spalenie lub głębokie zakopanie,
• zrębkowanie gałęzi na zrębach.

      Zadania w zakresie ochrony lasu przed chorobami grzybowymi są następujące :

• uporządkowanie pod kątem stanu sanitarnego drzewostanów założonych na gruntach porolnych w których istnieje niebezpieczeństwo występowania korzeniowca wieloletniego ; pniaki po ściętych drzewach smarowane są preparatem biologicznym, zaś w powstałe luki wprowadza się gatunki odporniejsze na działanie grzybów ; drzewostany te należy następnie kontrolować 3-4 razy w roku i systematycznie usuwać posusz,
• w uprawach i młodnikach sosnowych drzewka porażone opieńką są głęboko wycinane, a miejsca po nich traktowane są biopreparatem lub innym środkiem minimalizującym rozwój grzyba,
• drzewka zaatakowane przez obwar usuwa się na bieżąco w ciągu całego roku zwalczając jednocześnie jako ogniwo pośrednie smolika drągowinowca ,
• przez wykonanie wszystkich zabiegów z zakresu hodowli lasu, melioracji oraz pozyskania i transportu drewna zwiększana jest odporność lasu na działanie czynników chorobotwórczych.